Die Museumskommission berät den Stadtrat und die Museumsleitung in Fragen der Strategie und langfristigen Planung. Über die Museumskommission wird die Beteiligung der museumsnahen Vereine, Stiftungen und weiteren Institutionen (Partnerorganisationen) in Belangen sichergestellt, die das Museum als Ganzes betreffen. Sie setzt sich zusammen aus dem für das Museum zuständigen Stadtratsmitglied als Präsidentin oder Präsident (Bildungsreferent), einer Kantonsvertretung, zwei Mitgliedern der Naturforschenden Gesellschaft Schaffhausen sowie je einem Mitglied der folgenden Institutionen: Historischer Verein des Kantons Schaffhausen, Museumsverein Schaffhausen, Verein Pro Julio Mago, Kunstverein Schaffhausen, Vereinigung Schaffhauser Kunstfreunde, Peyersche Tobias Stimmer-Stiftung, Sturzenegger-Stiftung sowie Stiftung «Schaffhauser Gesellschaften und Zünfte». Sie wird vom Stadtrat gewählt.